Un estudi metagenòmic recent ha revelat un espectre notablement divers de virus i bacteris transmesos per rosegadors a la província de Heilongjiang, incloent-hi el virus de Lassa, el virus de l'Amur, Salmonella i Yersinia pestis.
La recerca va utilitzar elKit d'enriquiment d'ARN de patògens de Macro & Micro-Test, basat en la tecnologia de captura de sondes. En esgotar selectivament l'ARN ribosòmic de l'hoste i altres fragments conservats de l'hoste, el mètode va retenir eficaçment l'ARN microbià, millorant significativament la sensibilitat de detecció de patògens. Aquest pas d'enriquiment d'ARN del patogen va ser crític per aconseguir una alta taxa de detecció i va proporcionar un fort suport tècnic per a la vigilància de patògens.
Rosegadors: reservoris clau de malalties zoonòtiques
Els rosegadors són el grup de mamífers més ric en espècies i àmpliament distribuït, amb més de 2.000 espècies a tot el món i representant més del 40% de totes les espècies de mamífers.
Més enllà de la seva importància ecològica, els rosegadors serveixen com a importants reservoris i vectors de nombrosos patògens zoonòtics.Com que els hàbitats dels rosegadors sovint se superposen amb els entorns humans —a través de picades directes, contacte amb excrements o transmissió indirecta a través de puces i àcars—, els patògens que alberguen representen amenaces persistents per a la salut pública.
Cal destacar que més del 70% de les malalties infeccioses emergents provenen de la fauna salvatge, i els rosegadors representen un dels reservoris virals més importants.
Regió fronterera de Heilongjiang: una línia de front per a la vigilància de patògens
Heilongjiang, una província fronterera al nord-est de la Xina, posseeix abundants recursos ecològics i comparteix fronteres amb diversos països. La combinació d'una rica biodiversitat i un freqüent moviment transfronterer de població crea condicions favorables per a la transmissió de patògens.
Entre juny i juliol de 2021, els investigadors van recollir 67 rosegadors salvatges de la ciutat de Hengdaohezi, a la ciutat de Mudanjiang. Les mostres incloïen:
l 20Apodemus peninsular
l. 47Myodes rufocanus
Tots els exemplars van ser capturats en zones residencials i terres de conreu circumdants, cosa que destaca l'estreta interfície entre els assentaments humans i els hàbitats de la fauna salvatge.
Tecnologia d'enriquiment de patògens: superació de la interferència de fons de l'hoste
En la seqüenciació metagenòmica, l'ARN hoste domina normalment les lectures de seqüenciació, emmascarant els senyals de patògens de baixa abundància.
Per abordar aquest repte, l'estudi va emprarKit de detecció metagenòmica de patògens de Macro & Micro-Test. Mitjançant la tecnologia de captura de sondes, les sondes dissenyades específicament s'uneixen a l'ARN ribosòmic de l'hoste i a les seqüències conservades, permetent la seva depleció i enriquint així l'ARN microbià.
Aquest mètode va millorar substancialment la sensibilitat de detecció de patògens, permetent que la seqüenciació posterior recuperés una proporció més alta de lectures de patògens. El pas d'enriquiment va establir una base sòlida per caracteritzar amb precisió l'espectre de patògens transmesos pels rosegadors.
Després de l'enriquiment, les mostres d'ARN es van sotmetre a transcripció inversa, construcció de biblioteques i seqüenciació d'alt rendiment. L'anàlisi bioinformàtica va incloure:
l Filtratge del genoma de l'hoste
Classificació taxonòmica mitjançant Kraken2
l Correcció d'abundància amb Bracken
Aquest flux de treball va generar un perfil complet de les comunitats virals i bacterianes.
Resultats de la recerca: Cocirculació de múltiples virus i bacteris
Troballes virals
Els virus detectats pertanyien a 21 famílies víriques, incloent-hiArenaviridaeiHantaviridae.
A travésde noumitjançant l'assemblatge utilitzant Megahit, es van generar 154 contigs virals, dels quals 110 es van alinear amb 19 virus de vuit famílies.
In Apodemus peninsular, es van identificar els següents virus:
l Arenavirus: virus Lassa, virus Wenzhou, virus Gairo
l Hantavirus: virus Amur, virus Puumala
In Myodes rufocanus, Es van detectar arterivirus de rata i virus de l'Amur.
Entre aquests patògens:
El virus de Lassa és un agent causant de la febre hemorràgica vírica, amb taxes de mortalitat que arriben aproximadament al 20%.
El virus de l'Amur és un dels patògens responsables de la febre hemorràgica amb síndrome renal (HFRS). La Xina registra la càrrega mundial més alta d'infeccions per hantavirus.
Troballes bacterianes
Es van anotar un total de 1.051 gèneres bacterians.
Els gèneres més abundants van ser:
lSalmonel·la(26–31%)
lYersinia(11–23%)
Salmonel·laés un important patogen transmès pels aliments, responsable d'uns 9 milions de casos de febre tifoide i aproximadament 110.000 morts anuals a tot el món.
Yersinia pestis, l'agent causant de la pesta, ha estat responsable de tres pandèmies històriques. La província de Heilongjiang és reconeguda com un dels focus naturals de pesta de la Xina i continua sent una regió prioritària per a la vigilància de la pesta.
Importància de l'estudi
Contribucions científiques
Aquest estudi representa el primer informe de fragments del virus Lassa i del virus de l'arteritis de rata en rosegadors de Heilongjiang, ampliant la base de dades de patògens transmesos per rosegadors de la Xina.
Caracteritza sistemàticament les comunitats virals i bacterianes en poblacions locals de rosegadors, proporcionant dades de referència per a la vigilància de malalties zoonòtiques a les regions frontereres.
Implicacions per a la salut pública
Els resultats destaquen la necessitat d'una vigilància contínua i detecció de patògensA. peninsulariM. rufocanus.
Les dades proporcionen evidència científica que dóna suport a estratègies de control de fonts per a malalties com la pesta i la febre hemorràgica amb síndrome renal.
Punts forts metodològics
La seqüenciació metagenòmica permet la detecció imparcial tant de patògens coneguts com de nous.
En aquest estudi, la tecnologia d'enriquiment de patògens de Macro & Micro-Test va demostrar un fort rendiment, millorant eficaçment la detecció de patògens objectiu en mostres biològiques complexes. Els resultats confirmen la seva capacitat per donar suport a la identificació de patògens d'alta sensibilitat en la vigilància de la vida silvestre.
Recomanació de producte
A causa de la seva aplicació reeixida en aquest estudi, el kit d'enriquiment d'ARN de patògens Macro & Micro-Test és altament recomanat per a la investigació de vigilància metagenòmica.
En reduir eficaçment els àcids nucleics de l'hoste i enriquir les seqüències microbianes, el kit millora significativament la sensibilitat de detecció i la qualitat de les dades. Representa una eina essencial per al descobriment precís de patògens en mostres complexes i proporciona un suport tècnic robust per a la vigilància de la salut pública, l'avaluació de riscos zoonòtics i la preparació per a brots.
Contact to learn more: marketing@mmtest.com
Data de publicació: 02-03-2026