Una nova arma per al diagnòstic de la tuberculosi i la detecció de la resistència als fàrmacs: una seqüenciació dirigida de nova generació (tNGS) combinada amb l'aprenentatge automàtic per al diagnòstic d'hipersensibilitat a la tuberculosi
Informe bibliogràfic: CCa: un model de diagnòstic basat en tNGS i aprenentatge automàtic, adequat per a persones amb menys tuberculosi bacteriana i meningitis tuberculosa.
Títol de la tesi: Seqüenciació de nova generació dirigida a la tuberculosi i aprenentatge automàtic: una estratègia diagnòstica ultrasensible per a tubulars pulmonars paucífics i meningitis tubular.
Revista: 《Clinica Chimica Acta》
SI: 6,5
Data de publicació: gener de 2024
En col·laboració amb la Universitat de l'Acadèmia Xinesa de Ciències i l'Hospital Tòrax de Pequín de la Universitat Mèdica Capital, Macro & Micro-Test va establir un model de diagnòstic de tuberculosi basat en la tecnologia de seqüenciació dirigida (tNGS) de nova generació i el mètode d'aprenentatge automàtic, que va proporcionar una sensibilitat de detecció ultraalta per a la tuberculosi amb pocs bacteris i la meningitis tuberculosa, va proporcionar un nou mètode de diagnòstic d'hipersensibilitat per al diagnòstic clínic de dos tipus de tuberculosi i va ajudar al diagnòstic precís, la detecció de resistència als fàrmacs i el tractament de la tuberculosi. Al mateix temps, es va trobar que el cfDNA plasmàtic del pacient es pot utilitzar com un tipus de mostra adequat per al mostreig clínic en el diagnòstic de la tuberculosi tuberculosa.
En aquest estudi, es van utilitzar 227 mostres de plasma i mostres de líquid cefaloraquidi per establir dues cohorts clíniques, en què les mostres de la cohort de diagnòstic de laboratori es van utilitzar per establir el model d'aprenentatge automàtic del diagnòstic de tuberculosi, i les mostres de la cohort de diagnòstic clínic es van utilitzar per verificar el model de diagnòstic establert. Totes les mostres van ser primer dirigides per un conjunt de sondes de captura dirigides especialment dissenyades per a Mycobacterium tuberculosis. A continuació, basant-se en les dades de seqüenciació TB-tNGS, el model d'arbre de decisió s'utilitza per realitzar una validació creuada de 5 vegades en els conjunts d'entrenament i validació de la cua de diagnòstic de laboratori, i s'obtenen els llindars de diagnòstic de les mostres de plasma i les mostres de líquid cefaloraquidi. El llindar obtingut es porta a dos conjunts de proves de la cua de diagnòstic clínic per a la detecció, i el rendiment diagnòstic de l'aprenent s'avalua mitjançant la corba ROC. Finalment, es va obtenir el model de diagnòstic de tuberculosi.
Fig. 1 diagrama esquemàtic del disseny de la recerca
Resultats: Segons els llindars específics de la mostra d'ADN del LCR (AUC = 0,974) i la mostra d'ADNc plasmàtic (AUC = 0,908) determinats en aquest estudi, entre 227 mostres, la sensibilitat de la mostra de LCR va ser del 97,01%, l'especificitat va ser del 95,65%, i la sensibilitat i l'especificitat de la mostra de plasma van ser del 82,61% i el 86,36%. En l'anàlisi de 44 mostres aparellades d'ADNc plasmàtic i ADN de líquid cefaloraquidi de pacients amb tuberculosi pulmonar, l'estratègia diagnòstica d'aquest estudi té una alta consistència del 90,91% (40/44) en l'ADNc plasmàtic i l'ADN de líquid cefaloraquidi, i la sensibilitat és del 95,45% (42/44). En nens amb tuberculosi pulmonar, l'estratègia diagnòstica d'aquest estudi és més sensible a les mostres de plasma que els resultats de detecció Xpert de mostres de suc gàstric dels mateixos pacients (28,57% VS 15,38%).
Fig. 2 Rendiment de l'anàlisi del model de diagnòstic de tuberculosi per a mostres de població
