Una nova arma per al diagnòstic de la tuberculosi i la detecció de la resistència als fàrmacs: una seqüenciació dirigida de nova generació (tNGS) combinada amb l'aprenentatge automàtic per al diagnòstic d'hipersensibilitat a la tuberculosi
Informe bibliogràfic: CCa: un model de diagnòstic basat en tNGS i aprenentatge automàtic, adequat per a persones amb menys tuberculosi bacteriana i meningitis tuberculosa.
Títol de la tesi: Seqüenciació i aprenentatge automàtic de nova generació orientats a la tuberculosi: una estratègia de diagnòstic ultrasensible per a tubulars pulmonars paucífiques i meningitis tubular.
Revista: 《Clinica Chimica Acta》
SI: 6.5
Data de publicació: gener de 2024
En combinació amb la Universitat de l'Acadèmia Xinesa de Ciències i l'Hospital Chest de Beijing de la Universitat Mèdica Capital, Macro & Micro-Test va establir un model de diagnòstic de tuberculosi basat en la nova generació de tecnologia de seqüenciació dirigida (tNGS) i mètode d'aprenentatge automàtic, que va proporcionar un alt nivell. la sensibilitat de detecció de tuberculosi amb pocs bacteris i meningitis tuberculosa, va proporcionar un nou mètode de diagnòstic d'hipersensibilitat per al diagnòstic clínic de dos tipus de tuberculosi i va ajudar al diagnòstic precís, la detecció de la resistència als fàrmacs i el tractament de la tuberculosi.Al mateix temps, es constata que l'ADNc plasmàtic del pacient es pot utilitzar com a tipus de mostra adequat per al mostreig clínic en el diagnòstic de TBM.
En aquest estudi, es van utilitzar 227 mostres de plasma i de líquid cefaloraquidi per establir dues cohorts clíniques, en les quals es van utilitzar mostres de cohorts de diagnòstic de laboratori per establir el model d'aprenentatge automàtic de diagnòstic de tuberculosi, i les mostres de cohorts de diagnòstic clínic per verificar l'establert. model de diagnòstic.Totes les mostres van ser dirigides per primera vegada per un conjunt de sondes de captura dirigides especialment dissenyades per a Mycobacterium tuberculosis.A continuació, a partir de les dades de seqüenciació TB-tNGS, s'utilitza el model d'arbre de decisió per realitzar una validació creuada de cinc vegades en els conjunts d'entrenament i validació de la cua de diagnòstic de laboratori i s'obtenen els llindars de diagnòstic de mostres de plasma i de líquid cefaloraquidi.El llindar obtingut es porta a dos conjunts de proves de la cua de diagnòstic clínic per a la detecció, i el rendiment diagnòstic de l'alumne s'avalua mitjançant la corba ROC.Finalment, es va obtenir el model de diagnòstic de la tuberculosi.
Fig. 1 diagrama esquemàtic del disseny de la recerca
Resultats: d'acord amb els llindars específics de la mostra d'ADN de LCR (AUC = 0,974) i de la mostra de plasma cfDNA (AUC = 0,908) determinats en aquest estudi, entre 227 mostres, la sensibilitat de la mostra de LCR va ser del 97,01%, l'especificitat del 95,65% i la sensibilitat i especificitat de la mostra de plasma van ser del 82,61% i del 86,36%.En l'anàlisi de 44 mostres aparellades de cfDNA plasmàtic i DNA de líquid cefaloraquidi de pacients amb TBM, l'estratègia diagnòstica d'aquest estudi té una consistència elevada del 90,91% (40/44) en plasma cfDNA i DNA del líquid cefaloraquidi, i la sensibilitat és del 95,45% (42/44).En nens amb tuberculosi pulmonar, l'estratègia diagnòstica d'aquest estudi és més sensible a les mostres de plasma que els resultats de detecció Xpert de mostres de suc gàstric dels mateixos pacients (28,57% VS 15,38%).
Fig. 2 Anàlisi del rendiment del model de diagnòstic de tuberculosi per a mostres poblacionals
